O Zôo de Salvador vêem trabalhando em parceria com pesquisadores de diversas Universidades e Zoológicos do Brasil e Exterior

No Zôo de Salvador existem vários Programas que visam a conservação das espécies animais criadas em cativeiro, principalmente as nativas do Brasil. O Programa já conseguiu a reprodução de 38% dos animais do Parque, destacando-se a reprodução do mico-leão-de-cara-dourada, espécie endêmica da Mata Atlântica da Bahia.

Animais como a onça-pintada,a jaguatirica, a sussuarana,o macaco-prego-de-peito-amarelo,o lôbo-guará, a arara-azul e a harpia,são algumas das espécies mantidas pelo ZÔO através do Programa de Manejo, Conservação e Reprodução de Espécies Selvagens em cativeiro.

De junho de 2003 a junho de 2004 o Zoológico registrou aproximadamente 80 nascimentos de animais em cativeiro, sendo este número considerado elevado.